2,3,5,6-Tetrafluorobenzonitrile ใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความเฉพาะทางสูง โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยาและเกษตรกรรม เนื่องจากโครงสร้างที่มีฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรและประสิทธิภาพของสารประกอบที่ได้ นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารตั้งต้นในการผลิตสารกำจัดศัตรูพืชและยารักษาโรคบางชนิด โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการสร้างพันธะคาร์บอน-ไนโตรเจน ซึ่งเป็นขั้นตอนสำคัญในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในงานวิจัยทางเคมีเพื่อพัฒนาวัสดุใหม่ๆ ที่มีความทนทานและประสิทธิภาพสูง