2-Fluoro-6-methoxybenzonitrile เป็นสารเคมีที่ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม มันมักถูกใช้เป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการผลิตยาหรือสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพอื่น ๆ เนื่องจากโครงสร้างของมันที่มีทั้งหมู่ฟลูออรีนและเมทอกซี ซึ่งสามารถปรับปรุงคุณสมบัติทางเคมีและชีวภาพของสารเป้าหมายได้ นอกจากนี้ ยังถูกนำไปใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ ๆ เพื่อศึกษาประสิทธิภาพและกลไกการออกฤทธิ์ของสารประกอบต่าง ๆ และในงานวิจัยด้านเกษตรเคมีสำหรับการพัฒนายาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืชใหม่ ๆ โดยคุณสมบัติที่เป็นเอกลักษณ์ของมันช่วยเพิ่มประสิทธิภาพของผลิตภัณฑ์สุดท้าย