3-Chloro-5-methoxybenzonitrile ใช้หลักในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตสารออกฤทธิ์ต่างๆ โครงสร้างของมันมีคุณค่าในการพัฒนาสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าเชื้อรา ซึ่งช่วยในการปกป้องพืชผลและเพิ่มประสิทธิภาพการเกษตร นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยอินทรีย์เพื่อสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน เนื่องจากมีกลุ่มไนไตรล์และคลอโรที่มีปฏิกิริยา สามารถทำปฏิกิริยาเคมีได้หลากหลาย สารนี้ยังพบการประยุกต์ใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุ โดยเฉพาะในการสร้างโพลิเมอร์พิเศษและสารเคลือบที่มีคุณสมบัติปรับปรุง