4,5-Difluoro-2-methoxybenzonitrile ใช้หลัก ๆ ในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาส่วนผสมยาสำคัญ (APIs) สำหรับสาขาการรักษาต่าง ๆ มันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตสารประกอบที่มีศักยภาพในการต้านการอักเสบ ต้านไวรัส หรือต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในงานวิจัยเคมีเกษตรเพื่อสร้างยาฆ่าแมลงหรือวัชยาใหม่ ๆ โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครช่วยให้สามารถนำอะตอมฟลูออรีนเข้าไปได้ ซึ่งช่วยเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพและความเสถียรของผลิตภัณฑ์สุดท้าย นักวิจัยยังใช้มันในวิทยาศาสตร์วัสดุเพื่อออกแบบวัสดุอินทรีย์ขั้นสูงที่มีคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์หรือ光学เฉพาะ