ใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตรและเภสัชภัณฑ์เป็นสารตั้งต้นสำหรับสารประกอบฟลูออรีน ความสามารถในการดึงอิเล็กตรอนที่แรงช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพในสารออกฤทธิ์หลัก นิยมใช้ในการพัฒนายาเกษตร โดยเฉพาะสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าเชื้อรา เนื่องจากช่วยเพิ่ม lipophilicity และการทะลุผ่านเยื่อหุ้นเซลล์ นอกจากนี้ยังใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับสูตรของเหลวผลึกและอุปกรณ์อิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์ ซึ่งต้องการความเสถียรทางความร้อนและการออกซิเดชัน กลุ่มเพนตาฟลูออโรธิโอช่วยเพิ่ม electronegativity สูงและการป้องกัน steric ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบโมเลกุลที่คงทนและประสิทธิภาพสูง