3-Amino-2-fluorobenzonitrile ใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตรต่างๆ โครงสร้างของมันที่มีทั้งกลุ่มอะมิโนและอะตอมฟลูออรีน ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าต่อการพัฒนาส่วนผสมยาสำคัญ (APIs) มักใช้ในการผลิตสารประกอบที่เล็งเป้าไปยังเส้นทางชีวภาพเฉพาะ เช่น ตัวยับยั้งเอนไซม์หรือตัวปรับตัวรับ นอกจากนี้ การมีอยู่ของมันในงานวิจัยสารเคมีเกษตรช่วยในการสร้างสารกำจัดวัชพืช ยาฆ่าแมลง และยาฆ่าเชื้อรา โดยอะตอมฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรและประสิทธิภาพของผลิตภัณฑ์สุดท้าย ความหลากหลายของสารนี้ยังขยายไปถึงวิทยาศาสตร์วัสดุ ที่ซึ่งสามารถใช้ในการสังเคราะห์โพลิเมอร์ขั้นสูงหรือสารเคมีพิเศษ