4-Amino-3,5-difluorobenzonitrile ใช้หลักในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ต่างๆ โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ช่วยให้สามารถรวมเข้าไปในโมเลกุลที่แสดงกิจกรรมทางชีวภาพ ทำให้มีคุณค่าสูงในการพัฒนายาและยาฆ่าแมลงใหม่ๆ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโครงสร้างเคมีที่ซับซ้อน เนื่องจากมีกลุ่มอะมิโนและไนไตรล์ที่ทำปฏิกิริยาได้ดี อะตอมฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรและการดูดซึมทางชีวภาพของผลิตภัณฑ์สุดท้าย ทำให้เป็นส่วนประกอบสำคัญในงานวิจัยเคมีขั้นสูงและการผลิต