5-Amino-2-fluorobenzonitrile มีการใช้งานหลักในอุตสาหกรรมเคมีและเภสัชกรรม โดยเป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ที่มีความซับซ้อน ใช้ในการผลิตยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งหมู่ฟลูออรีนและไนไตรล์ ทำให้เหมาะสำหรับการปรับปรุงคุณสมบัติทางเคมีและกายภาพของสารเป้าหมาย นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ ๆ โดยเฉพาะในกระบวนการค้นหายาที่มีฤทธิ์ต้านมะเร็งและยาต้านจุลชีพ อีกทั้งยังเป็นส่วนประกอบในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตรและสารกำจัดศัตรูพืช