(5-Chloro-2-methoxyphenyl)methanamine hydrochloride ใช้ในงานวิจัยทางเคมีและเภสัชวิทยาเพื่อศึกษาคุณสมบัติทางชีวภาพและฤทธิ์ทางยา มักถูกนำมาใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบอื่นๆ ที่อาจมีศักยภาพในการรักษาโรคต่างๆ เช่น โรคทางระบบประสาทหรือโรคที่เกี่ยวข้องกับระบบไหลเวียนเลือด นอกจากนี้ยังอาจใช้ในการพัฒนายาใหม่ๆ ที่มีฤทธิ์ต้านการอักเสบหรือต้านเชื้อแบคทีเรีย เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่มีส่วนประกอบของคลอรีนและเมทอกซีกรุ๊ป ซึ่งอาจส่งผลต่อการออกฤทธิ์ทางชีวภาพของสารประกอบนี้