β-Alanine ethyl ester hydrochloride ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการผลิตยาและเปปไทด์ มีบทบาทในการเตรียมกรดอะมิโนเบต้า ซึ่งจำเป็นสำหรับการพัฒนายาและสารประกอบชีวภาพที่มีกิจกรรม ในงานวิจัยทางชีเคมี ช่วยในการศึกษากลไกของเอนไซม์และปฏิกิริยาระหว่างโปรตีน นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีละเอียดและวัสดุพิเศษสำหรับการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรม รูปแบบไฮโดรคลอไรด์ช่วยเพิ่มความเสถียรและความละลาย ทำให้เหมาะสมสำหรับกระบวนการเคมีต่างๆ