สาร Propargyl-PEG5-azide นิยมใช้ในกระบวนการทางเคมีชีวภาพและชีววิทยาโมเลกุล โดยเฉพาะในการทำปฏิกิริยา Click Chemistry ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่มีความเฉพาะเจาะจงและมีประสิทธิภาพสูง มักใช้ในการเชื่อมต่อโมเลกุลต่าง ๆ เช่น โปรตีน, เปปไทด์, หรือ DNA เข้าด้วยกัน เนื่องจากกลุ่ม azide และ alkyne ในโมเลกุลนี้สามารถทำปฏิกิริยาแบบ cycloaddition ได้อย่างรวดเร็วและแม่นยำ นอกจากนี้ยังใช้ในการปรับเปลี่ยนพื้นผิววัสดุหรือสร้างโครงสร้างนาโนสำหรับการวิจัยทางด้านเวชศาสตร์และเภสัชวิทยา เช่น การพัฒนายาหรือระบบนำส่งยาแบบเป้าหมายเฉพาะ