11β-Prostaglandin E1 ใช้ในการแพทย์เพื่อรักษาโรคที่เกี่ยวข้องกับการไหลเวียนของเลือด โดยเฉพาะในผู้ป่วยที่มีภาวะขาดเลือดในอวัยวะสำคัญ เช่น หัวใจและสมอง นอกจากนี้ยังใช้ในการรักษาภาวะหลอดเลือดตีบและช่วยเพิ่มการไหลเวียนโลหิตในผู้ป่วยโรคเบาหวานที่มีแผลเรื้อรัง ยังมีบทบาทในการรักษาภาวะปอดอักเสบและช่วยลดความดันในปอดในผู้ป่วยที่มีภาวะปอดอุดกั้นเรื้อรัง (COPD) และภาวะปอดอักเสบรุนแรง (ARDS)