1,3-ไดเมทิลไฮแดนทอยน์ ใช้หลักlyเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารฆ่าเชื้อและสารฆ่าเชื้อรา เช่น ไฮแดนทอยน์ที่คลอรีนหรือโบรมีน ซึ่งใช้ในระบบบำบัดน้ำ เช่น หอระบายความร้อนและวงจรน้ำอุตสาหกรรม สารอนุพันธ์เหล่านี้ช่วยควบคุมการเจริญเติบโตของแบคทีเรีย สาหร่าย และเชื้อรา โดยการปล่อยฮาโลเจนที่ใช้งานได้ (เช่น คลอรีนหรือโบรมีน) อย่างช้าๆ เมื่อละลายในน้ำ โครงสร้างไฮแดนทอยน์ที่มีความเสถียรทำให้สารฆ่าเชื้อเหล่านี้เหมาะสมสำหรับสภาพแวดล้อมอุตสาหกรรมที่รุนแรงที่มีอุณหภูมิสูงและ pH ผันผวน นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตสารกันบูดสำหรับผลิตภัณฑ์ดูแลส่วนบุคคล เช่น โลชั่น ครีม และสบู่ โดยอาศัยคุณสมบัติต้านจุลินทรีย์ของสารที่ได้ และยังเป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร