คลอรีนเอมีน บี ไฮเดรท ใช้เป็นสารฆ่าเชื้อและยาฆ่าเชื้อในหลายอุตสาหกรรม รวมถึงการบำบัดน้ำและสุขอนามัย มันมีประสิทธิภาพในการกำจัดแบคทีเรีย ไวรัส เชื้อรา และเชื้อก่อโรคอื่นๆ ในน้ำดื่ม น้ำใช้ในสระว่ายน้ำ และกระบวนการบำบัดน้ำ นอกจากนี้ยังใช้ในทางการแพทย์เพื่อทำความสะอาดแผล ฆ่าเชื้อบนผิวหนัง อุปกรณ์ทางการแพทย์ และพื้นผิว เนื่องจากมีคุณสมบัติในการฆ่าเชื้อที่รวดเร็วและไม่ก่อให้เกิดการระคายเคืองมากนัก นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารฟอกขาวในอุตสาหกรรมสิ่งทอและกระดาษ เพื่อทำให้วัสดุขาวและบริสุทธิ์ คุณสมบัติต้านจุลินทรีย์ยังมีคุณค่าในอุตสาหกรรมอาหารสำหรับการฆ่าเชื้ออุปกรณ์และพื้นผิวเพื่อความปลอดภัยของอาหาร โดยรวมแล้ว คลอรีนเอมีน บี ไฮเดรท มีบทบาทสำคัญในการรักษาความสะอาดและป้องกันการปนเปื้อนในหลายภาคส่วน