ใช้เป็นสีย้อมทางชีววิทยาใน histology และ cytology เพื่อแยกแยะโครงสร้างเซลล์ โดยเฉพาะการย้อมนิวเคลียสเพื่อย้อมดีเอ็นเอ นิยมใช้ในงานวิเคราะห์ทางจุลทรรศน์เพื่อเพิ่มความเปรียบต่างของส่วนประกอบเซลล์ นอกจากนี้ยังใช้เป็นตัวบ่งชี้กรด-เบสเนื่องจากมีการเปลี่ยนสีตามค่า pH และใช้เป็นสีย้อมเสริม (counterstain) ในเทคนิคการย้อมจุลชีววิทยาบางชนิดเพื่อปรับปรุงการมองเห็นตัวอย่าง นอกจากนั้น ใช้ย้อมดีเอ็นเอในเทคนิคการแยกสาร เช่น เจลอะการอส (agarose gel electrophoresis) เพื่อทำให้เห็นแถบดีเอ็นเอในงานวิจัยทางพันธุศาสตร์และชีววิทยาโมเลกุล