ใช้ในอุตสาหกรรมอาหารเพื่อตรวจสอบคุณภาพของไข่ โดยเฉพาะไข่ที่ผ่านการเก็บรักษานานหรือมีการเปลี่ยนแปลงสภาพ ซึ่งระดับของซิงค์ โปรโตพอร์ฟีรินจะเพิ่มขึ้นเมื่อไข่มีอายุมากขึ้น ทำให้สามารถใช้เป็นตัวชี้วัดความสดของไข่ได้ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านชีวเคมีและเวชศาสตร์ ในการศึกษาภาวะขาดเหล็ก โดยเฉพาะในผู้ป่วยที่มีอาการซีด ซึ่งการวัดระดับซิงค์ โปรโตพอร์ฟีรินในเลือดสามารถบ่งชี้การขาดเหล็กในระยะเริ่มต้นได้ก่อนที่ระดับฮีโมโกลบินจะลดลง ยังมีการศึกษาเกี่ยวกับการใช้สารนี้ในงานวิจัยด้านชีวภาพโมเลกุล เนื่องจากโครงสร้างคล้ายฮีม จึงสามารถนำไปใช้เป็นแบบจำลองในการศึกษาการทำงานของโปรตีนที่จับฮีม เช่น ไซโตโครม เป็นต้น