1-Methyl-L-histidine มีการใช้งานหลักในด้านการวิจัยทางวิทยาศาสตร์และทางการแพทย์ โดยเฉพาะในการศึกษากระบวนการเมแทบอลิซึมของโปรตีนและกรดอะมิโน ในทางการแพทย์ มีการศึกษาที่ชี้ให้เห็นว่าสารนี้มีบทบาทในการช่วยลดการอักเสบและอาจมีประโยชน์ในการรักษาโรคที่เกี่ยวข้องกับความเสื่อมของกล้ามเนื้อ นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในการศึกษาผลกระทบต่อสุขภาพของกล้ามเนื้อและระบบประสาท ซึ่งอาจนำไปสู่การพัฒนายาใหม่ๆ ในอนาคต