โซเดียมไซยาโนบอโรไฮไดรด์เป็นสารรีดิวซ์แบบเลือกเฉพาะที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในปฏิกิริยา reductive amination ซึ่งลดอิมีนหรือเอนเอมีนให้เป็นเอมีนโดยไม่กระทบต่อหมู่ฟังก์ชันอื่นๆ เช่น คาร์บอนิล ทำให้มีคุณค่ามากในการผลิตยาเภสัชกรรมที่ต้องการการรีดิวซ์อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์และโปรตีนเพื่อช่วยคงสถานะของอินเตอร์มีเดียตระหว่างกระบวนการ และใช้ในการรีดิวซ์ออกซิมให้เป็นเอมีนปฐมภูมิ คุณสมบัติการรีดิวซ์แบบอ่อนโยนทำให้เหมาะสำหรับการใช้งานในชีวเคมีและวิทยาศาสตร์วัสดุที่ต้องการการควบคุมการรีดิวซ์