โซเดียมไซยาโนบอโรไฮไดรด์ใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารลดแบบเลือกเพศในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในปฏิกิริยา reductive amination ซึ่งลดอิมินและเอนเอมีนให้เป็นเอมีนที่สอดคล้องกันโดยไม่กระทบต่อหมู่ฟังก์ชันอื่นๆ ทำให้มีคุณค่าต่อการผลิตยาและเคมีภัณฑ์ละเอียด ในชีวเคมี ใช้ในการคงสภาพของเบส Schiff ระหว่างการติดฉลากโปรตีนและการทดลองไขว้ นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์โมเลกุลซับซ้อน เช่น คาร์โบไฮเดรตและนิวคลีโอไซด์ เนื่องจากคุณสมบัติการลดแบบอ่อนโยน ความเสถียรในสารละลายน้ำทำให้เหมาะสมสำหรับการใช้งานทางชีวเคมีและอุตสาหกรรมต่างๆ