ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาซึ่งต้องการกรุ๊ปโบโรเนตเป็นตัวทำหน้าที่เชื่อมต่อโครงสร้างโมเลกุล เช่น ปฏิกิริยาซูซูกิ (Suzuki coupling) ซึ่งเป็นที่นิยมในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนในห่วงโซ่หรือโครงสร้างอารมาติก สารนี้จึงมีบทบาทสำคัญในการพัฒนาสารประกอบที่ใช้ในอุตสาหกรรมยาและวัสดุพิเศษ โดยเฉพาะในขั้นตอนการสร้างสารตั้งต้นหรือสารกลางที่มีโครงสร้างซับซ้อน ความเสถียรของเอสเตอร์พินาโคลช่วยให้จัดเก็บและใช้งานได้ง่ายกว่าโบโรนิกแอซิดรูปแบบอื่น