ใช้เป็นสารเคมีเฉพาะทางในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม (cross-coupling) ซึ่งส่วน trifluoroborate ทำหน้าที่เป็นนิวคลีโอไฟล์ที่เสถียรจากโบรอน โครงสร้างของมันช่วยให้เกิดการแปลงเฉพาะเจาะจงในการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร โดยให้ความเสถียรและปฏิกิริยาที่ดีภายใต้สภาวะอ่อนโยน ใช้กันทั่วไปในปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura เพื่อสร้างสารประกอบ biaryl ซึ่งช่วยในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนอย่างมีประสิทธิภาพ กลุ่ม methylthio ที่มีอยู่อาจทำหน้าที่เป็นกลุ่มนำทางหรือปรับแต่งในการประกอบโมเลกุลที่ซับซ้อน เพิ่มความเลือกเฉพาะในการเกิดปฏิกิริยา