3-Aminopyridine-5-boronic Acid Pinacol Ester ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบทางอินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura cross-coupling ซึ่งช่วยในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนในโมเลกุลที่ซับซ้อน กลุ่ม boronic ester ของสารนี้ช่วยอำนวยความสะดวกในการจับคู่กับ aryl หรือ vinyl halides ทำให้มีคุณค่าต่อการวิจัยทางเภสัชศาสตร์ในการสร้างสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการออกแบบวัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์และโพลิเมอร์ ความเสถียรและปฏิกิริยาของสารนี้ทำให้เป็นตัวเลือกที่เหมาะสมในเคมียารักษาโรคสำหรับการพัฒนาผู้สมัครยา และในการวิจัยสารเคมีเกษตรสำหรับการสังเคราะห์ยาฆ่าแมลงชนิดใหม่ สารนี้ยังมีบทบาทในการพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งกลุ่มอะมิโนและโบรอน ซึ่งสามารถปรับเปลี่ยนเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะของสารออกฤทธิ์