3-Aminopyridine-5-boronic Acid Pinacol Ester ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมี โดยเฉพาะในปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura Coupling ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่ใช้ในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบโบรอนกับสารประกอบอาไรล์หรือวินิลแฮไลด์ สารนี้ยังมีบทบาทในการพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งกลุ่มอะมิโนและโบรอน ซึ่งสามารถปรับเปลี่ยนเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะของสารออกฤทธิ์ นอกจากนี้ยังสามารถนำไปใช้ในการศึกษาด้านเคมีอินทรีย์และวัสดุศาสตร์ เพื่อพัฒนาวัสดุใหม่ที่มีคุณสมบัติเฉพาะเจาะจง