Indole-6-Boronic Acid Pinacol Ester ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura cross-coupling ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่จำเป็นสำหรับการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน ทำให้สามารถสร้างโมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน รวมถึงยาและสารเคมีเกษตร กลุ่มโบรอนิกเอสเตอร์ของมันทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญ ช่วยในการ coupling กับอะริลหรือไวนิลเฮไลด์ ใน presence ของตัวเร่งปฏิกิริยาพัลลาเดียม สารประกอบนี้ยังมีคุณค่าในเคมียารักษาโรคสำหรับการออกแบบและสังเคราะห์ยาที่มีฐาน indole ซึ่งพบมากในการรักษาโรคต่างๆ นอกจากนี้ ยังใช้เป็นบล็อกก่อสร้างในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับพัฒนาวัสดุอินทรีย์ขั้นสูงที่มีคุณสมบัติอิเล็กทรอนิกส์หรือแสงธรรมชาติเฉพาะ