3-Chloro-5-methoxyphenylboronic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ต่างๆ โดยเฉพาะในปฏิกิริยา Suzuki coupling ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่ใช้ในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบ aryl หรือ vinyl boronic acid กับ aryl หรือ vinyl halide ทำให้ได้สารประกอบที่มีโครงสร้างซับซ้อนมากขึ้น นอกจากนี้ยังสามารถนำไปใช้ในการศึกษาวิจัยทางเคมีเพื่อพัฒนายาและวัสดุใหม่ๆ เนื่องจากมีความสำคัญในกระบวนการสร้างโมเลกุลที่มีศักยภาพในการใช้งานทางเภสัชกรรมและอุตสาหกรรม