(5-Aminopyridin-3-yl)boronic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีต่าง ๆ โดยเฉพาะในปฏิกิริยา Suzuki coupling ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่ใช้ในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบโบรอนและสารประกอบอาไรล์หรือวินิลฮาไลด์ สารนี้ยังถูกนำไปใช้ในการพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากโครงสร้างของมันสามารถปรับเปลี่ยนได้ง่ายเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพ นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาเพื่อนำไปใช้ในกระบวนการทางเคมีอื่น ๆ เช่น การสังเคราะห์วัสดุที่มีความเฉพาะเจาะจงสูง หรือใช้เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในกระบวนการทางอุตสาหกรรม