(2-Chloro-4-methylpyrimidin-5-yl)boronic acid ใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura cross-coupling เพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อนสำหรับเภสัชกรรมและสารเคมีเกษตร ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนาสารประกอบเบสไพรีมีดีน ซึ่งจำเป็นต่อการค้นพบยาสำหรับการกำหนดเป้าหมายโรคต่างๆ กลุ่ม boronic acid ของมันช่วยให้เกิดการ coupling กับ aryl halides ได้อย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการออกแบบโพลิเมอร์ขั้นสูงและตัวเร่งปฏิกิริยา