5-acetylfuran-2-boronic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีต่างๆ โดยเฉพาะในปฏิกิริยา Suzuki coupling ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่ใช้ในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบโบรอนกับสารประกอบอะริลหรือวินิลฮาไลด์ ทำให้ได้สารประกอบที่มีโครงสร้างซับซ้อนมากขึ้น นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพเนื่องจากมีโครงสร้างที่สามารถปรับเปลี่ยนได้ง่ายเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะของสารที่สังเคราะห์ขึ้น