4-Fluoro-2-methylpyridine-5-boronic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในกระบวนการ Suzuki coupling ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่ใช้ในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างกรดบอโรนิกกับสารประกอบอะริลหรือเฮเทอโรอะริลฮาไลด์ สารนี้มีประโยชน์ในการพัฒนายาใหม่ๆ เนื่องจากโครงสร้างของมันช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนได้ง่ายเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะของยา นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยและพัฒนาสารประกอบทางเคมีที่มีศักยภาพในการรักษาโรคต่างๆ เช่น มะเร็ง และโรคทางระบบประสาท