ไอโซมอลโทสถูกนำมาใช้ในอุตสาหกรรมอาหารและเครื่องดื่มเป็นส่วนใหญ่ โดยเฉพาะในผลิตภัณฑ์ที่ต้องการความหวานแต่ไม่ต้องการแคลอรี่สูง มักใช้เป็นสารให้ความหวานแทนน้ำตาลในอาหารสำหรับผู้ป่วยโรคเบาหวานหรือผู้ที่ต้องการควบคุมน้ำหนัก นอกจากนี้ยังใช้ในผลิตภัณฑ์เบเกอรี่และขนมหวานเพื่อช่วยให้เนื้อสัมผัสดีขึ้นและยืดอายุการเก็บรักษา ในอุตสาหกรรมยา ไอโซมอลโทสถูกใช้เป็นส่วนผสมในยาบางชนิดเพื่อปรับปรุงรสชาติและเพิ่มความคงตัวของยา