5-คลอโร-6-เมทอกซี-1-อินดานอน เป็นอนุพันธ์ของอินดานอนที่ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะสารชีวภาพที่มีโครงสร้างพื้นฐานอินดาน เช่น ยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทส่วนกลางหรือสารต้านอนุมูลอิสระ สารนี้ช่วยในการสร้างโมเลกุลเฮเทโรไซคลิกที่ซับซ้อน และมักใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเพื่อสังเคราะห์อนุพันธ์ใหม่ๆ สำหรับศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างกับกิจกรรมทางชีวภาพ