CDK9-IN-10 ถูกนำมาใช้หลักในการวิจัยเพื่อศึกษาผลการยับยั้งต่อ cyclin-dependent kinase 9 (CDK9) ซึ่งเป็นโปรตีนสำคัญในการควบคุมการถอดรหัส (transcriptional regulation) โดยการยับยั้ง CDK9 ช่วยให้เข้าใจกลไกการยืดการถอดรหัส (transcription elongation) และบทบาทของ CDK9 ในกระบวนการเซลล์ต่างๆ สารประกอบนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการวิจัยมะเร็ง ซึ่งการยับยั้ง CDK9 ถูกสำรวจเป็นกลยุทธ์บำบัดที่เป็นไปได้เพื่อขัดขวางการถอดรหัสของยีนมะเร็ง (oncogenes) จากนั้นหยุดการเพิ่มจำนวนของเซลล์มะเร็ง นอกจากนี้ยังช่วยในการตรวจสอบผลกระทบของการยับยั้ง CDK9 ต่อการจำลองแบบของไวรัส ให้ข้อมูลเชิงลึกสำหรับการพัฒนายาต้านไวรัส การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการศึกษาโรคต่างๆ ที่การควบคุมการถอดรหัสผิดปกติมีบทบาทสำคัญ สนับสนุนการพัฒนาการบำบัดแบบกำหนดเป้าหมาย