CDK9-IN-2 ถูกนำมาใช้หลักๆ ในงานวิจัยเพื่อศึกษาบทบาทของโปรตีนไซคลิน-ดีเพนเดนต์ ไคเนส 9 (CDK9) ในกระบวนการเซลล์ต่างๆ โดยเป็นสารยับยั้ง CDK9 ที่มีประสิทธิภาพสูง ซึ่งมีบทบาทสำคัญในการควบคุมการถอดรหัสยีนผ่านการยืดตัวของ RNA โพลิเมอเรส II นักวิจัยใช้สารนี้เพื่อตรวจสอบผลกระทบต่อเซลล์มะเร็ง เนื่องจาก CDK9 มักเกี่ยวข้องกับการรอดชีวิตและการเพิ่มจำนวนของเซลล์มะเร็ง การยับยั้ง CDK9 ช่วยให้เข้าใจบทบาทของมันในการแสดงออกของยีนและศักยภาพในการเป็นเป้าหมายรักษามะเร็ง นอกจากนี้ ยังใช้ศึกษาผลกระทบต่อการเพิ่มทวีของไวรัส โดยเฉพาะ HIV ซึ่ง CDK9 จำเป็นสำหรับการถอดรหัสจีโนมไวรัส ทำให้ CDK9-IN-2 เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในการวิจัยทั้งมะเร็งวิทยาและไวรัสวิทยา