ใช้ 5-ฟลูออโรไซโทซีน เป็นยาต้านเชื้อรา โดยเฉพาะในการรักษาการติดเชื้อราชนิดแคนดิดาและคริปโทคอคคัส ซึ่งมักพบในผู้ป่วยที่มีภูมิคุ้มกันบกพร่อง เช่น ผู้ป่วยโรคเอดส์ หรือผู้ที่ได้รับยากดภูมิ ยาตัวนี้ทำงานโดยการถูกเปลี่ยนเป็นสารที่รบกวนการสังเคราะห์ดีเอ็นเอและอาร์เอ็นเอของเชื้อรา ทำให้การเจริญเติบโตของเชื้อหยุดลง มักใช้ร่วมกับยาอื่น เช่น แอมโฟเทอริซิน บี เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการรักษา โดยเฉพาะในกรณีติดเชื้อที่รุนแรง เช่น คริปโทคอคคัล เมนิงกาลิติส