เมฟลอกวิน ไฮโดรคลอไรด์ ใช้หลักในการเป็นยาต้านมาลาเรีย โดยเฉพาะสำหรับการป้องกันและรักษาโรคมาลาเรียที่เกิดจาก Plasmodium falciparum และ Plasmodium vivax มักสั่งจ่ายให้ผู้เดินทางไปยังพื้นที่ที่มีมาลาเรียระบาด เนื่องจากให้การป้องกันที่ยาวนานด้วยการให้ยาทุกสัปดาห์ ยานี้มีประสิทธิภาพต่อเชื้อมาลาเรียที่ดื้อยาคลอโรควิน ทำให้เป็นตัวเลือกที่มีคุณค่าในพื้นที่ที่มีปัญหาการดื้อยา นอกจากนี้ ยังใช้ร่วมกับยาต้านมาลาเรียอื่นๆ เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพหรือลดความเสี่ยงของการเกิดดื้อยา นอกเหนือจากมาลาเรีย เมฟลอกวิน ไฮโดรคลอไรด์ ถูกสำรวจสำหรับการใช้รักษาโรคภูมิต้านตนเองบางชนิดและภาวะทางจิตเวช แม้ว่าการประยุกต์ใช้นี้จะไม่ค่อยพบและต้องการการวิจัยเพิ่มเติม เนื่องจากมีผลข้างเคียงที่อาจเกิด เช่น อาการทางระบบประสาทจิต จึงมักสงวนไว้สำหรับบุคคลที่ไม่สามารถทนหรือมีข้อห้ามต่อยาต้านมาลาเรียอื่นๆ ควรใช้ตามคำแนะนำของแพทย์อย่างเคร่งครัด