สารละลายเฟนไทออนถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการควบคุมแมลงศัตรูพืชในภาคการเกษตร โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการกำจัดแมลงดูดกินน้ำเลี้ยง เช่น เพลี้ยอ่อน เพลี้ยแป้ง และแมลงหวี่ขาว ซึ่งเป็นศัตรูพืชสำคัญที่ทำลายผลผลิต นอกจากนี้ ยังใช้ในการควบคุมแมลงพาหะนำโรค เช่น ยุง ซึ่งเป็นตัวการสำคัญในการแพร่กระจายโรคไข้มาลาเรียและโรคไข้เลือดออก ในบางกรณี ยังถูกนำมาใช้ในการกำจัดแมลงในพื้นที่สาธารณะและในครัวเรือน เพื่อลดการแพร่กระจายของแมลงที่เป็นอันตรายต่อสุขภาพของมนุษย์และสัตว์เลี้ยง