(S)-(4-Methylmorpholin-2-yl)methanol ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการผลิตสารประกอบคิรัล (chiral compounds) บทบาทของมันมีความสำคัญในการพัฒนายาที่ต้องการสเตอรีโอเคมีเฉพาะ (specific stereochemistry) เพื่อประสิทธิภาพทางยา นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการเตรียมลิแกนด์สำหรับการเร่งปฏิกิริยาแบบไม่สมมาตร (asymmetric catalysis) ซึ่งช่วยเพิ่มความเลือกและประสิทธิภาพของปฏิกิริยาเคมี นอกจากนั้น ยังมีการประยุกต์ใช้ในการสร้างโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ (biologically active molecules) ซึ่งมีส่วนสนับสนุนความก้าวหน้าในเคมียารักษา (medicinal chemistry) และการค้นพบยา (drug discovery)