(1S,2R)-2-Methylcyclohexanamine hydrochloride ใช้เป็นหลักในการวิจัยเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็น chiral building block ในการสังเคราะห์ยาต่างๆ ความ stereochemistry ทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างสาร enantiomerically pure ซึ่งสำคัญสำหรับการพัฒนายาที่มีผลทางรักษาเฉพาะเจาะจง นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษเคมีอินทรีย์เพื่อสำรวจกลไกปฏิกิริยาและ chiral resolutions อีกทั้งยังประยุกต์ใช้ในการพัฒนาสารเคมีเกษตร โดยคุณสมบัติทางโครงสร้างช่วยในการออกแบบยาฆ่าแมลงที่มีประสิทธิภาพและเลือกสรรได้มากขึ้น