(S)-2-(เมทอกซีเมทิล)มอร์โฟลีน ไฮโดรคลอไรด์ ใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชกรรม โดยเฉพาะอย่างยิ่งเป็นบล็อกก่อสร้างคีรัลในการพัฒนาส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) มันทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญในการผลิตยาที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาต้านซึมเศร้าและยาต้านโรคจิต คุณสมบัติคีรัลของมันมีคุณค่าในการสร้างสารที่บริสุทธิ์แบบเอนานติโอเมอร์ ซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและลดผลข้างเคียงของยา นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการวิจัยเคมีอินทรีย์เพื่อพัฒนาเส้นทางสังเคราะห์และวิธีการใหม่ๆ