ใช้ (S)-3-เมทิลพิเพอริดีน เป็นสารตั้งต้นแบบ chiral ในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาส่วนประกอบยาที่มีฤทธิ์ทางเภสัชวิทยา (APIs) ซึ่ง stereochemistry มีบทบาทสำคัญต่อกิจกรรมทางชีวภาพ โครงสร้างของมันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตยาที่เล็งเป้าไปยังความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง รวมถึงยาต้านซึมเศร้าและยาต้านอาการหลอนประสาท การกำหนดค่าของ (S)-enantiomer เฉพาะเจาะจงช่วยให้มีการโต้ตอบแบบเลือกสรรกับเป้าหมายทางชีวภาพ ส่งเสริมประสิทธิภาพของยาและลดผลข้างเคียง นอกจากนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตรและเคมีภัณฑ์ละเอียดที่ต้องการเอมีนบริสุทธิ์แบบ enantiomerically