(2S,5S)-2,5-เฮกเซนไดออล ใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบคิรัลและเป็นบล็อกก่อสร้างในเคมีอินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญในการผลิตยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่ต้องการสเตอรีโอเคมีเฉพาะสำหรับประสิทธิภาพ สารนี้ยังถูกนำมาใช้ในการสร้างโพลิเมอร์และเรซิน ซึ่งคุณสมบัติไดออลช่วยในการเชื่อมขวางและการก่อตัวของวัสดุที่ทนทาน นอกจากนี้ยังนำไปประยุกต์ในการผลิตสารเคมีพิเศษ เช่น สารลดแรงตึงผิวและสารหล่อลื่น ซึ่งโครงสร้างของมันช่วยให้มีคุณสมบัติทางกายภาพที่ต้องการ ในสาขาเคมีเกษตร สารนี้ถูกใช้ในการสังเคราะห์ยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชแบบคิรัล ซึ่งช่วยเพิ่มความเลือกสรรและประสิทธิผล