เบนซิล ไซยาโนฟอร์เมต ใช้หลัก ๆ ในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะรีเอเจนต์ที่หลากหลาย โดยเฉพาะในการเตรียมกรดอะมิโนและเปปไทด์ที่ได้รับการป้องกัน มันทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับเอมีน ซึ่งช่วยให้เกิดปฏิกิริยาที่เลือกสรรในโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์ยา ซึ่งช่วยในการปล่อยสารออกฤทธิ์อย่างควบคุม นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตร ซึ่งมีส่วนช่วยในการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช ความตอบสนองและความเสถียรของมันทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน