ใช้ CTAB ในการสกัดดีเอ็นเอจากเซลล์ โดยเฉพาะในตัวอย่างพืชและจุลินทรีย์ เนื่องจากช่วยทำลายเยื่อหุ้มเซลล์และเยื่อหุ้มนิวเคลียสได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารลดแรงตึงผิวในกระบวนการสังเคราะห์นาโนพาร์ติเคิล เช่น นาโนโกลด์ ช่วยควบคุมรูปร่างและขนาดของอนุภาคได้ดี นิยมใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยด้านนาโนเทคโนโลยีและชีววิทยาโมเลกุล รวมถึงใช้ในผลิตภัณฑ์ทำความสะอาดและสารฆ่าเชื้อเนื่องจากมีคุณสมบัติเป็นสารลดแรงตึงผิวเชิงบวกที่สามารถทำลายผนังเซลล์ของแบคทีเรียได้