4-Chloro-6-fluorocinnoline ใช้ในการวิจัยและพัฒนายา โดยเฉพาะในด้านการออกแบบและสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรมที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ สารนี้มักถูกศึกษาเพื่อประเมินศักยภาพในการเป็นตัวยับยั้งเอนไซม์หรือตัวรับที่เกี่ยวข้องกับโรคต่าง ๆ เช่น มะเร็ง หรือโรคติดเชื้อ นอกจากนี้ยังอาจถูกนำไปใช้ในการศึกษากลไกการทำงานของโมเลกุลในระดับเซลล์ เพื่อพัฒนายาใหม่ที่มีประสิทธิภาพและความจำเพาะสูง