O-Propargyl-Puromycin ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในด้านชีววิทยาโมเลกุลและชีวเคมี โดยเฉพาะในการศึกษาและติดตามกระบวนการสังเคราะห์โปรตีนในเซลล์ เนื่องจากมีคุณสมบัติเฉพาะที่สามารถรวมเข้ากับสายโพลีเปปไทด์ที่กำลังสังเคราะห์ได้ ทำให้สามารถติดฉลากและตรวจสอบโปรตีนที่เพิ่งสร้างขึ้นใหม่ได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในเทคนิค Click Chemistry เพื่อการติดตามและวิเคราะห์โปรตีนในเซลล์แบบเรียลไทม์ ซึ่งช่วยให้นักวิจัยสามารถเข้าใจกลไกการทำงานของเซลล์ในระดับโมเลกุลได้ดียิ่งขึ้น