บิวเทน-1-ซัลโฟนิลฟลูออไรด์ ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นรีเอเจนต์ที่หลากหลายสำหรับการนำกลุ่มซัลโฟนิลฟลูออไรด์เข้าไปในโมเลกุล มีคุณค่าอย่างยิ่งในเคมีคลิกและชีวเคมีสำหรับการติดฉลากโปรตีนและชีวโมเลกุลอื่นๆ เนื่องจากมีปฏิกิริยาสูงและเลือกสรรเฉพาะ มีการใช้สารนี้ในการพัฒนายับยั้งแบบโคเวเลนต์ ซึ่งจะก่อตัวพันธะที่มั่นคงกับโปรตีนเป้าหมาย ทำให้สามารถศึกษากลไกของเอนไซม์และการค้นพบยา นอกจากนี้ยังทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร สนับสนุนการสร้างสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพและความเสถียรที่เพิ่มขึ้น การใช้ในเคมีพอลิเมอร์สำหรับการปรับเปลี่ยนวัสดุเพื่อให้ได้คุณสมบัติเฉพาะเจาะจงเป็นการประยุกต์ใช้งานที่สำคัญอีกประการหนึ่ง