CY3-N3 ถูกใช้อย่างกว้างขวางในการถ่ายภาพทางชีววิทยา (bioimaging) และการเชื่อมต่อทางชีวเคมี (bioconjugation) เนื่องจากคุณสมบัติการเรืองแสง (fluorescent properties) ของมัน โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีคุณค่าต่อการติดฉลากโมเลกุลชีวภาพ เช่น โปรตีน กรดนิวคลีอิก และแอนติบอดี เพื่อการมองเห็นในกล้องจุลทรรศน์เรืองแสง (fluorescence microscopy) และการวิเคราะห์เซลล์ด้วยเครื่องไหล (flow cytometry) กลุ่มอะไซด์ (azide group) ของมันช่วยให้เกิดปฏิกิริยาเคมีคลิก (click chemistry) ได้อย่างมีประสิทธิภาพ สามารถเชื่อมต่อเฉพาะเจาะจงและรวดเร็วกับโมเลกุลที่ functionalized ด้วยอัลไคน์ (alkyne-functionalized molecules) ทำให้เป็นเครื่องมือสำคัญในการศึกษากระบวนการเซลล์ การโต้ตอบระหว่างโมเลกุล และระบบการส่งยา (drug delivery systems) นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในงานทดสอบวินิจฉัย (diagnostic assays) และการวิจัยที่ต้องการความไวและความจำเพาะสูง