รีคอมบิแนนต์ฮิรูดินถูกใช้อย่างกว้างขวางในทางการแพทย์และการวิจัย เนื่องจากมีคุณสมบัติต้านการแข็งตัวของเลือดที่แรง มันถูกใช้หลักในฐานะตัวยับยั้งทรอมบินโดยตรง ทำให้มีประสิทธิภาพในการป้องกันการเกิดลิ่มเลือดในภาวะต่าง ๆ เช่น หลอดเลือดดำลึกอุดตัน (deep vein thrombosis) ภาวะปอดอุดกั้น (pulmonary embolism) และระหว่างการผ่าตัด เช่น การขยายหลอดเลือดหัวใจด้วยบอลลูน (coronary angioplasty) ความสามารถในการจับติดกับทรอมบินอย่างแน่นและจำเพาะโดยไม่ต้องใช้โคแฟคเตอร์ ทำให้เป็นทางเลือกที่มีคุณค่ากว่าเฮพาริน โดยเฉพาะในผู้ป่วยที่เป็นลิ่มเลือดจากเฮพาริน (heparin-induced thrombocytopenia) นอกจากนี้ รีคอมบิแนนต์ฮิรูดินยังถูกใช้ในห้องปฏิบัติการเพื่อศึกษากลไกการแข็งตัวของเลือดและพัฒนายาต้านการแข็งตัวของเลือดใหม่ ความเสถียรและความจำเพาะของมันยังทำให้เป็นเครื่องมือที่มีประโยชน์ในการทดสอบวินิจฉัยเพื่อวัดกิจกรรมของทรอมบิน