โคบอลต์(II) ไทโอไซยาเนต ใช้หลักในการทดสอบสกอตต์สำหรับการตรวจหาโคเคนและอัลคาลอยด์อื่นๆ แบบเบื้องต้นทางเคมีสี โดยจะเกิดสารประกอบเชิงซ้อนสีน้ำเงินที่ชัดเจนเมื่อมีโคเคนไฮโดรคลอไรด์ ช่วยในการระบุตัวตนในงานนิติวิทยาศาสตร์และการวิเคราะห์ นอกจากนี้ ยังใช้เป็นสารเคมีวิเคราะห์ในกระบวนการตรวจสอบไอออนโลหะและการศึกษาการเกิดสารประกอบเชิงซ้อนต่างๆ ยังทำหน้าที่เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบเชิงซ้อนและตัวเร่งปฏิกิริยาสำหรับปฏิกิริยาอินทรีย์ โดยเฉพาะที่เกี่ยวข้องกับลิแกนด์กำมะถันหรือไนโตรเจน และนำไปใช้ในการผลิตเม็ดสี ดีย์ กาว และสารเคลือบผิวพิเศษ เพื่อเพิ่มความคงทนของสีและสมบัติการใช้งาน