3'-ดีฟอสโฟโคเอนไซม์ เอ ใช้ในการวิจัยทางชีวเคมีเพื่อศึกษากลไกของเอนไซม์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งปฏิกิริยาที่ขึ้นกับโคเอนไซม์ เอ มันทำหน้าที่เป็นอนุภาควิเคราะห์แทนที่ (substrate analog) ในงานทดสอบเอนไซม์เพื่อเข้าใจบทบาทของกลุ่มฟอสเฟตในการทำงานของเอนไซม์ นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในการวิเคราะห์เส้นทางเมแทบอลิซึมเพื่อตรวจสอบกระบวนการถ่ายโอนกลุ่มอะซิล และใช้ในการพัฒนายับยั้งสำหรับเอนไซม์ที่โต้ตอบกับโคเอนไซม์ เอ ซึ่งช่วยในการค้นพบยาและการกำหนดเป้าหมายการรักษา