ฟลูโดรคอร์ติโซนใช้หลักในการรักษาภาวะที่ร่างกายผลิตฮอร์โมนสเตียรอยด์ตามธรรมชาติไม่เพียงพอ เช่น โรคเอ็ดดิสัน (Addison’s disease) หรือภาวะพร่องต่อมหมวกไต (adrenal insufficiency) มันช่วยควบคุมสมดุลโซเดียมและโพแทสเซียม รักษาความดันโลหิตและระดับของเหลวในร่างกาย นอกจากนี้ ยังสั่งจ่ายสำหรับภาวะความดันโลหิตต่ำเมื่อยืน (orthostatic hypotension) ซึ่งเป็นภาวะที่ความดันโลหิตตกอย่างมากเมื่อลุกยืน เพื่อปรับปรุงอาการเช่น เวียนศีรษะและเป็นลม ในบางกรณี ยังใช้จัดการรูปแบบการสูญเสียเกลือของ congenital adrenal hyperplasia ช่วยในการทำให้ระดับอิเล็กโทรไลต์ปกติ กิจกรรม mineralocorticoid ของมันทำให้จำเป็นสำหรับผู้ป่วยที่ต้องการการบำบัดทดแทนฮอร์โมน